Die Kreuzungszucht wurde durch den Engländer Robert Bakewell am Ende des 18. Jahrhunderts etabliert und ist ursprünglich in der Milchviehzucht entwickelt worden. Ziel ist es verschiedene positive Eigenschaften unterschiedlicher Rasse zu kombinieren, indem durch den Züchter Tiere verschiedener Linien, Rassen und Populationen gekreuzt werden. Der Begriff Population bezieht sich hierbei auf eine in sich geschlossene Paarungsgemeinschaft ohne externe Einflüsse anderer Gene. Die entstehenden Königinnen aus der Kreuzungszucht sind Hybride, welche die geforderten Eigenschaften aus väterlichem Reinzuchttier und mütterlichem Kreuzungstier in sich vereinen soll. Die Mutter- und Vatereigenschaften resultieren aus dem Stellungseffekt, der Dominanz des genetischen Materials für bestimmte Fähigkeiten der gekreuzten Rassen. Bestimmte Dominanzen sind zum Beispiel für die Muttertiere eine hohe Eiablage und für die Vatertiere der Sanftmut im Bienenvolk. Wird nur ein einzelnes Merkmal versucht in die Rasse einzukreuzen, wird dies als Kombinationskreuzung bezeichnet.

Mit der Kreuzung verschiedener reinrassiger und Kreuzungstiere entstehen genetische Effekte, die sogenannte Heterosis, bei der die Leistungsfähigkeit der Hybriden besonders ausgeprägt ist. Die erste Filial-Generation (F1) weißt dabei bessere Leistungswerte auf, als die der Parental-Generation. Das Kreuzungsprodukt kann im speziellen eine bessere Lebensfähigkeit, Legeleistung und Ertragsstärke aufweisen. Grundlage für die genetischen Effekte ist die Uniformitätsregel als 1. Mendelsche Regel. Die entstehenden Nachkommen sind aber in ihrem Phänotyp, der Summe aller Merkmale eines Individuums, sehr uneinheitlich. Es differenzieren sich nicht nur die morphologischen Eigenschaften des äußeren Erscheinungsbildes, sondern auch physiologische und psychologische Eigenschaften zwischen den einzelnen Nachzuchten. Zudem ist bei der Kreuzungszucht von einem Anstieg der Heterozygotie auszugehen, diese bezieht sich auf Mischerbigkeit in Bezug auf ein genetisches Merkmal. Weitere Nachzuchten können ohne unmittelbare Selektion des Züchters starke Varianzen aufweisen. Die Erhöhung der Anteile heterozygoter Gene vermindert im Vergleich zur Reinzucht das Risiko einer Inzuchtdepression, in der mit vermindert leistungsfähigen und mit Erbfehlern geschädigten Nachzuchten gerechnet werden muss.

Kreuzungszucht mit phänotypischen Rassen

Zur Gewährleistung einer Erbfestigkeit wird eine kontinuierliche Kreuzungszucht angewandt. Die verwendeten Rassen sollten phänotypisch ähnlich sein, dies bedeutet, dass die jeweiligen Eigenschaften sich ergänzen oder gar addieren. Andernfalls kann es zu einer zu hohen Streuung der Ergebnisse mit weitläufig unterschiedlichen Königinnen kommen. Der Aufwand für eine durchzuführende Selektion wäre in diesem Fall zu groß. Die Kreuzungszucht unterteilt sich in die diskontinuierliche und die kontinuierliche Kreuzungsmethoden. Während die kontinuierliche Kreuzungszucht stetig genetisches Material der reinrassigen Vatertiere gleicher und dem Muttertier ähnlicher Linien über mehrere Generationen einkreuzt, kann sich bei der diskontinuierlichen Kreuzungszucht die Strategie mit jeder Generation ändern. Maßgebend für einen Strategiewechsel sind die aktuellen genetischen Eigenschaften und die Notwendigkeit zur Ergänzung oder Verbesserung einzelner Merkmale. Hierbei weißt die diskontinuierliche Kreuzungszucht eine wesentliche höhere Ergebnisstreuung und Varianz auf.